O Unifeb encerrou o ano letivo com 7 cursos avaliados pelo MEC com conceitos positivos, além do Recredenciamento de Centro Universitário. Durante 2016, a instituição recebeu 15 visitas in loco de avaliadores do Ministério, resultando em avaliações acima da média para quase todos os cursos analisados, sendo nota 4 para os cursos de licenciatura em ciências biológicas, bacharelado em educação física, ciências contábeis, pedagogia, licenciatura em educação física e nota 3 para os cursos de engenharia de produção e engenharia de alimentos noturno. Para 2017, o MEC já agendou seis visitas in loco, sendo que apenas para fevereiro já estão agendadas visitas para os cursos de Odontologia, Engenharia Ambiental, Engenharia Química, Direito e Farmácia Noturno, todas visando o reconhecimento ou renovação de reconhecimento de cursos. 

De acordo com a procuradora institucional do Unifeb e responsável por acompanhar as visitas, Profa. Claudia Paschoaletti, a avaliação realizada pelo MEC abrange a organização didática e pedagógica, corpo docente e infraestrutura da instituição. Para cursos oferecidos na modalidade EaD, também é avaliada a tutoria.